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根据清远市住房公积金管理中心的相关政策，对于名下已有自建房贷款的情况下再次申请公积金贷款购买商品房是否算作二套房，具体认定标准如下：

1、房屋套数认定：
清远市住房公积金贷款的房屋套数认定是基于家庭为单位（包括借款人、配偶及未成年子女）。
如果您名下的自建房已经办理了贷款，并且该自建房被认定为一套住房，那么再次申请公积金贷款购买商品房时，会被视为第二套住房。

2、二套房的认定条件：
根据清远市的规定，如果您家庭名下已有一套住房（无论是否结清贷款），再次申请公积金贷款购买住房时，将按照二套房政策执行。
二套房的贷款额度、首付比例和利率可能会有所不同。通常，二套房的首付比例会高于首套房，利率也可能有所上浮。

3、建议：
具体的政策可能会随着时间和地区的变化而调整，因此建议您在申请公积金贷款前，咨询清远市住房公积金管理中心或前往当地公积金服务窗口进行详细咨询，以获取最新的政策信息。

您可以拨打清远市住房公积金管理中心的服务热线 0763-12329 进行进一步确认。